Derfor stiler behandlingen ikke kun efter at fjerne isolerede symptomer, den skal genoprette den dybereliggende balance og stimulere kroppens egne evne til selvhelbredelse.
Definitionen af helbred, sygdom og helbredelse samt begreberne konstitution, modtagelighed og miasme er centrale i homøopatisk filosofi.
Homøopatisk filosofi er baseret på ideer af bl.a. Hippokrates og Paracelsus. Det er dog den tyske læge Samuel Kristian Hahnemann (1755-1843), der betragtes som homøopatiens Fader. Hahnemann brugte hele sit liv på at udføre praktiske eksperimenter og behandlinger. Han formulerede sine indsigter og tanker om sundhed, sygdom og homøopatisk behandling i bogen “Organon der Heilkunst”
Hahnemann’s Organon udgør stadig det filosofiske og praktiske grundlag, for den klassiske homøopati. Det er de meget præcist formulerede aforismer som instruerer homøopaten nøjagtigt i sit virke.
Det er i det klassiske Grækenland at både homøopati og konventionel vestlig medicin har deres rødder. Det var den græske læge Hippokrates, som i det 5. årh. f.Kr. foreslog at sygdom ikke skyldes guddommelig indgriben men i stedet var forårsaget af kræfter i naturen. Hippokrates lagde vægt på at stimulere patientens egne helbredende mekanismer. Datidens medicinske praksis var baseret på Modsætningernes Princip.Det dikterer, at man ordinerer en substans som forårsager det modsatte af sygdommens symptomer. Diarré blev derfor behandlet med medicin som gav forstoppelse, f.eks. aluminiumhydroxid. En fremgangsmåde, som stadig anvendes i konventionel vestlig medicin.Hippokrates derimod, udviklede Lighedens Princip. Dette er baseret på ideen om at ” lige, vil med lignende helbredes”. Lighedens Princip siger, at det, der kan forårsage sygdomssymptomer i raske mennesker, kan helbrede de samme sygdomme i syge mennesker. Vha. Lighedens Princip stimuleres patientens iboende helbredende mekanismer. Hvid Foldblad (Veratrum Album) blev f.eks. anvendt til behandling af kolera, men hvis ordineret til raske mennesker resulterer det i koleralignende symptomer. Denne opdagelse verificerede Dr. S. Hahnemann mange århundreder senere, hvilket førte til opblomstringen af homøopatien. Men inden homøopatiens fader Hahnemann levede, var Paracelsus en anden historisk person, som var central for homøopatiens udvikling.Den schweiziske doktor og alkymist Paracelsus (1493-1541) genoplivede Hippokrates’ ideer. Han lagde vægt på den græske Signaturernes Doktrin. Dette indikerer at alt i naturen, planter, mineraler og dyr, bærer ”Guds signatur”, en indikation for hvilke helbredende egenskaber de har. Ifølge Paracelsus har alle planter og mineraler aktive bestanddele, som kan helbrede. Paracelsus’ kemiske og lægelige eksperimenter lagde grunden til moderne medicin og farmakologi. Hans introduktion af mange nye mediciner som sulfur, jern, opium og arsenik og hans vedholdende tro på Lighedens Princip gør ham til en nøglefigur i udviklingen af homøopati.
Trods Paracelsus’ opdagelser var den medicinske praksis stadig barbarisk i det 18. årh. Hygiejne var ukendt. Kviksølv, bly og ren arsenik i store mængder blev brugt som medicin.Iglepåsættelser, fontaneller, åreladninger m.m. var vidt udbredte og havde forfærdelige bivirkninger og dødsfald til følge. Det var i denne periode, at den tyske doktor Samuel Kristian Hahnemann (1755-1843), desillusioneret over sit lægearbejde og mangel på faste behandlingsprincipper, begyndte at formulere en ny forståelse af sygdom, sundhed og medicin. Han opdagede at malariamedicinen quinin, isoleret fra barken af Cinchona Officinalis, kan fremkalde malarialignende symptomer hos raske mennesker. Samtidig opdagede han, at de kunstigt fremkaldte symptomer forsvinder, når medicinen stoppes. Dette underbygges af både Paracelsus og Hippokrates. Ved at foretage denne procedure på en større gruppe personer og notere de fremkaldte symptomer fik han et fuldt billede af quinins helbredende egenskaber, hvilket ikke begrænsede sig til malaria. Det var den første såkaldte ”prøvning”.Hahnemann påbegyndte et større antal ”prøvninger” af planter, mineraler og dyreprodukter og han samlede oplysningerne i et Materia Medica (lægemiddellære). For at undersøge om disse substanser nu også kunne helbrede hvad Lighedens Princip forudsagde, begyndte han sine konsultationer med et omhyggeligt interview, hvor patientens sygdomsforløb, livsstil, helbred m.m. blev noteret ned. Disse informationer blev så vidt muligt matchet til et af de ”prøvede” lægemidler. Lægemidlet blev derefter givet i stærkt fortyndet dosis. Resultaterne var sensationelle og Hahnemann fik hurtigt mange patienter, tilhængere og fjender. I hele sit liv arbejdede Hahnemann på at forbedre og udvikle sit system, som han kaldte homøopati. Han skrev utallige afhandlinger og bøger og ”prøvede” omkring 100 lægemidler.Da Hahnemann døde i 1843 var homøopati grundigt etableret i det meste af Europa og forudset til at blive den nye verdensmedicin. Der var homøopatiske skoler og hospitaler i mange lande og i USA praktiserede 15% af lægerne homøopati. I slutningen af det 19. århundrede og begyndelsen af det 20. århundrede vandt konventionel vestlig medicin stort indpas. Med et splittet homøopatisk samfund gik det ned ad bakke for homøopatien i hele verden undtagen i Indien. I mange lande blev det forbudt f.eks. begrundet med, at man ikke kunne forklare præcist hvordan det virkede. Nogle steder passede det den konventionelle lægestand, som nu stod uden opposition eller kritik, godt.
Efter 100 års dominans er mange af den konventionelle medicins mangler blevet tydeliggjorte og patienter søger nu alternativer: det mest anvendte er homøopati. Skoler og klinikker åbner i mange vestlige lande og homøopater er i disse år involverede i banebrydende research.Trods modarbejdelse fra medicinindustrien og mange i den konventionelle lægestand er homøopatien i rivende udvikling. Det er også af stor betydning for homøopatiens modstandere, at moderne fysik nu kan begynde at forklare, hvordan homøopatiske lægemidler virker.
I lande hvor forsikringen dækker homøopatisk behandling, eller hvor man skal betale både for behandling hos konventionelle læger og homøopater, er homøopati blevet et meget brugt alternativ. I Danmark er homøopatien stærkt konkurrencesvækket, fordi behandling hos konventionelle læger er gratis, og homøopati stadig er relativt ukendt.